Öhhmmm... stimmt nicht!
fixboot & fixmbr stellen die ausschließlich die interne Struktur des MBR in Bezug auf das aufrufende System wieder her. Mit der Boot.ini hat das absolut nichts zu tun! Die wird im extremen Fall erst wieder durch bootcfg /rebuild neu erstellt.
Zwar ist es grundsätzlich richtig, vor dem Aufruf von bootcfg erst fixboot & fixmbr zu starten, aber zwingend notwendig ist das nicht.

... dezent vergessen ! ;)
Man soll ja auch nicht all zu viel gleichzeitig machen ! :D
( http://support.microsoft.com/kb/291980/de )

Thx !